El funcionamiento de la asociación se rige en torno a tres niveles de decisión:
Asamblea General
Es el órgano máximo de decisión y está integrada por los asociados de ANFACO-CECOPESCA. Periódicamente se reune para aprobar la gestión realizada por la Junta Directiva.
Junta Directiva
Es el organo de dirección delegado, encargado de tratar los asuntos generales de la Asociación. Esta formada por el presidente, el secretario general y diecisiete vocales, elegidos entre los socios de pleno derecho. Ver miembros Junta Directiva
Departamentos
Los servicios que ANFACO-CECOPESCA presta a sus asociados se canalizan a través de los departamentos.
