Estas comisiones están compuestas por representantes de todos aquellos asociados interesados en participar de su trabajo y por el personal interno de ANFACO-CECOPESCA. Tienen como fin lograr un acercamiento entre las distintas empresas que engloban el sector, tratando de llevar a las mismas los aspectos más actuales y las inquietudes sectoriales.

Algunos de los grupos de trabajo que están funcionando en este momento son: